1860. március 26-án látta meg a napvilágot Lovasberényben. Székesfehérváron, ahová az ifjú Lepsényi József/Miklós gimnáziumba járt, mindennapos volt a barátok látványa. Bizonyára megkedvelte a szerzetesi életmódot, és felvételét kérte a mariánusokhoz, ahová 1876-ban fogadták be. Teológiai és filozófiai tanulmányait a nagyszombati rendi főiskolán folytatta, majd ennek befejeztével 1882-ben pappá szentelték.
A fiatal ferences Andocson és Pozsonyban volt hitszónok és hitoktató. Szentbeszédei közül több nyomtatásban is megjelent, ezek a szövegek mutatják kitűnő írói képességét. Hamarosan nemcsak szerzőként mutatta meg magát az olvasóknak, hanem szerkesztőként is. 1892-ben Pozsonyban a lelkipásztori és hitszónoki feladatok mellett a Jó pásztor, a Katholikus hitvédelmi folyóirat és az Oktató népkönyvtár szerkesztője.
Egyre erőteljesebb közéleti ambíciójának is szerepe lehetett abban, hogy szerzetesi hivatása megrendült. 1894-ben elhagyta a ferences rendet, és Vaszary Kolos esztergomi hercegprímás ajánlatára az Esztergomi Főegyházmegyében világi papként folytatta munkáját. Az érsek először Budapesten nevezte ki hitoktatónak. Közéleti tevékenységének nagy lendületet adott, amikor Prohászka Ottokár kezdeményezésére, Zichy Nándor és Esterházy Miklós Móric vezetésével 1895. január 28-án megalakult a Katholikus Néppárt. Ennek közvetlen előzménye a korra jellemző szekularizáció volt, különösen a polgári házasság 1894-es bevezetése.
E jogszabály bírálata vezetett a Lepsényi Miklós elleni felségsértési perhez, amely a politikusi pályájára indította. A Pozsonyban megjelenő Magyar Néplap című hetilapban közölt, Megtörtént című vezércikkében felháborodva bírálta a király által szentesített törvényt.
Úgy vélte, nem érdemel tiszteletet az az uralkodó, aki nem Isten kegyelméből kormányoz.
Az esküdtszék tizenkét tagja közül csak ketten szavaztak Lepsényi ártatlanságára, így a szerzőt fél évi állami fogházra ítélték.
Büntetését a szegedi Csillag börtönben töltötte le, ahonnan 1895. december 1-jén szabadult. Pere és az ítélet kapcsán került először a közvélemény-formáló, nagy példányszámban megjelenő napilapok figyelmének kereszttüzébe. A fogházra ítélt papra valóságos hírlapi össztűz zúdult, a szabadelvű újságírók kivétel nélkül elítélték. Még Ady Endre is felfigyelt tevékenységére, s erős bírálattal illette.
Szabadulásakor Hricsovszky Timót szegedi házfőnök, tartományfőnöki tanácsos a Tisza-parti város ferences rendházához vitette Lepsényit, akit a templom előtt ünneplőbe öltözött emberek köszöntöttek, virágot dobáltak elé, verset szavaltak, emlékbe ezüstkeresztet nyújtottak át neki.
Nem készült fel a szegedi rendőrség az egykori ferences szabadulásának következményeire, és az ügyészség „lázítás” vétsége miatt
egy évvel később vizsgálatot kezdeményezett.
Lepsényi a szegedi ünneplés után Budapestre érkezett. A Szegedi Napló tudósítása szerint az őt éltetők érkezése előtt Szűz Mária nevében felhívást intéztek a magyar katolikusokhoz, akik szép számmal meg is jelentek üdvözlésére. Ahogy a szerző fogalmazott, „már délben nagy tömeg lepte el a Nyugati pályaudvar környékét. Rózsafüzéres asszonyok, kolduló barátok és feltűnő sokaságban a környékbeli parasztnép.” Lepsényi fogadását és ünneplését a rendőrség nem engedélyezte,
nemcsak a pályaudvari köszöntést, hanem minden gyülekezést betiltott, a szervezőket pedig bíróság elé állították.
Politikai ellenfeleit aggodalommal töltötte el a Néppárt népszerűsége és a Lepsényi Miklós iránti növekvő tisztelet, ezért a személye elleni támadások is egyre gyakoribbá váltak. Az 1896. október 29. és november 4. között tartott országgyűlési választásokon a Néppárt tizenhét mandátumot szerzett. Lepsényi Miklós a Zala vármegyei Letenyét képviselve jutott be a parlamentbe. Ellenségei minden eszközt bevetettek a lejáratására.
A Pécsi Figyelő egyik ismeretlen szerzője – utalva a néppárti politikusok, köztük Lepsényi esetenkénti antiszemita megnyilvánulásaira – cikket jelentetett meg egy izraelita előfizetőjükre hivatkozva arról, hogy az édesapját Morgensternnek hívták, és Lepsényben volt sakter (= ’metsző’, aki a háziállatok rituális levágását és az újszülött fiúgyermekek körülmetélését végzi). A cikk szerint Lepsényi Miklóst tizenhárom éves korában keresztelték meg, ám a képviselő ezt az információt eltitkolta a választás előtt. Ezek természetesen alaptalan híresztelések voltak. Kisebb-nagyobb változtatással a Pesti Hírlap is átvette az írást, amire végül egy olvasói levél formájában Lepsényi is reagált.
A politikus pap országgyűlési felszólalásainak jellegzetes stílusa volt.
Sokszor abszurdba hajló állításokkal karikírozta ellenfeleit, amivel a szabadelvű politikusok vélt vagy valós korlátaira hívta fel a figyelmet.
Bár a szociális igazságot segíteni szándékozó számos kezdeményezést tett (például részvénytársaság alapításával, melynek célja a keresztény fogyasztási szövetkezetek áruval való ellátása volt), a nagyközönség előtt leginkább konfliktusai miatt vált ismertté. Ezek közül a legsúlyosabb a sérelmére elkövetett fizikai támadás volt. Az incidens egy Lepsényi által szerkesztett, a Magyar Néplapban megjelent, Zimándy Ignác törökbálinti plébános egyik Kossuth-ellenes könyvének hírverése révén robbant ki. Zimándy Kossuth katonájaként harcolt a szabadságharcban, később azonban számtalan könyvben „állította ítélőszék elé” Kossuth Lajost. Az Országgyűlés különböző csoportjai felháborodva igyekeztek nemcsak bocsánatkérésre felszólítani a képviselőt – aki ezt meg is tette –, hanem teljesen kirekeszteni, kiközösíteni és ellehetetleníteni az Országgyűlésben.
Ellenzéki obstrukció a boldog békeidőkben (Wikipedia)
De sem a bocsánatkérés, sem képviselőtársainak viselkedése nem okozott akkora felbolydulást, mint az a tény, hogy előzetes fenyegetések után az épületből távozva
néhány Függetlenségi párti képviselő, s más közéleti szereplők Lepsényire támadtak, és sétapálcájukkal ütlegelni kezdték.
A tettlegesség nem maradt következmények nélkül, Lepsényi még aznap levelet írt Molnár János apát-kanonoknak, a Néppárt elnökének, amelyben kifejtette, hogy távozik, mert kilépésével a párt szabadabban tudja meghozni szükséges döntéseit.
A független képviselői státusz kérdését hosszú ideig lebegtették. A sajtóhírek szerint a Néppárt már a következő hónapban titkos határozatot hozott Lepsényi visszafogadásáról. Mikszáth Kálmán a lehetséges visszatérést hosszú vezércikkben taglalta, azt vélelmezvén, hogy a Néppárt a két baloldali párt számára készített csapdát. A visszatérés helyett azonban lassú elhidegülés kezdődött.
1901 után Lepsényi Miklós a közügyektől visszavonultan élt a nógrádszakáli plébánián, de a következő országgyűlési választások idején teljesen
nem tudta megtagadni a hazai vadkapitalizmus visszaszorítását célzó törekvéseit.
Más lehetősége nem is nagyon maradt: az Országgyűlés négyszáztizenhárom képviselőjéből korábbi pártja, a Katholikus Néppárt mindössze huszonöt mandátumot szerzett. Jobb eredményt értek el, mint négy évvel korábban, de összességében a párt az országos politikai színtéren teljesen marginális maradt.
1900 januárjában negyedmagával megalakította a Nógrádszakáli Fogyasztási és Értékesítő Szövetkezetet, amely korábbi próbálkozásához hasonlóképpen azt a célt tűzte ki, „hogy
tagjait olcsó és jó minőségű háztartási és gazdasági cikkekkel ellássa”.
A politikától visszavonult lelkipásztor a falusi plébánosok egyszerű életét élte. Kálváriát építtetett és szenteltetett fel hatalmas tömeg jelenlétében 1912-ben. Minden jel szerint mindvégig büszke volt országos közéleti szerepvállalására. Viszonylag fiatalon, hatvannégy éves korában halt meg 1924-ben.