Pedig morális nagysága már 1944-ben is megmutatkozott. A bácskai sváb származású lelkész Magyarország német megszállása napján felháborodásában és keserűségében a következőket írta naplójába: „A mai naptól kezdve a hivatalos használat kötelezettségein kívül a ’Wolf’ családi név helyett az ’Ordass’ családi nevet használom.” A zsidóüldözés során – a svéd követséggel ápolt jó kapcsolatai segítségével – részt vállalt az embermentésben, később pedig a terjeszkedő kommunista hatalomnak állt ellen.
A tényleges félreállítást karaktergyilkossággal készítették elő. 1948-ban azzal vádolták meg, hogy nem számolt el a külföldi támogatásokkal.
A vád nem az volt ellene, hogy kritikus lenne az immár kizárólagos hatalomra törő kommunistákkal szemben (egyébként kritikus volt), még csak az sem, hogy ellenzi az egyházi iskolák államosítását (pedig ellenezte), vagy hogy kiáll az egyház autonómiája mellett (természetesen kiállt) – hanem hogy sikkasztott.
Amikor Ordassnál házkutatást tartottak, akkor hatósági tanúnak „természetesen” az egyházfit kérték meg, hátha ezzel saját egyházán belül is rossz hírét keltik a püspöknek. Éket akartak verni a püspök és lelkészei közé, így buzgón keresték a kollaboránsokat. Jellemző, hogy leginkább olyan embereket találtak, akik a barna diktatúra idején megégették magukat, ezért készek voltak arra, hogy a kommunistáknak szolgálatokat tegyenek. A püspököt házi őrizetben tartották, majd ultimátumot adtak neki: mondjon le. Amikor erre nem volt hajlandó, morálisan próbálták ellehetetleníteni. Letartóztatásakor nem vizsgálati fogságba helyezték, hanem tudatosan a Gazdasági Rendőrség épületébe vitték.
A korabeli sajtó szalagcímei „valutázó püspökről” szóltak. A bértollnokok azt harsogták, hogy a népi demokrácia igazságszolgáltatása egy „csaló, népnyúzó egyházi bűnszövetkezet törvényellenes tettének felderítésén fáradozik”. A hecckampányban a Pesti izé gúnyverssel gázolt a püspök becsületébe („Szajrézni az Ordas jól tud, / Ha segélyt lop, másnak is jut”), a Ludas Matyi pedig ezzel a címmel közölt róla gonosz karikatúrát:
„belopta magát a hívők szívébe”.
Aztán szintet lépett a mocskolódás. Egy özvegyasszony állítólagos levelét kezdték terjeszteni, amely szerint „a népáruló püspök” vérbajjal fertőzte meg az ő tizenhárom éves lányát.
„Gaztetteik példátlanok” – harsogta a sajtó Ordassról és munkatársairól. Azzal a hamis váddal is le akarták őket járatni, hogy „költséges mulatozásaikra ezreket költöttek”, az újjáépítési segélyeket „saját üzelmeikre szánták”, és hogy Ordass közpénzen villát vásárolt magának.
A propaganda előkészítő munkája után megszületett a vádirat „az evangélikus egyház valutázó és sikkasztó vezetői ellen”. Mindezek után az sem meglepő, hogy a tárgyalás az „uzsorabíróságon” folyt. Az ökumenikus szolidaritás szép példája volt viszont, hogy Ordass védelmét az elkötelezett református ügyvéd, Kardos János vállalta. Hitét sem véka alá rejtő beszédét ezekkel a szavakkal fejezte be:
„Igazságos ítéletet kérek. Nem kegyelmes, nem irgalmas ítéletet, mert Ordass Lajosnak erre nincs szüksége. Ha neki kegyelemre van szüksége, ahogy abban a szép versben van: »Jézusa kezében kész a kegyelem: egyenest oda fog folyamodni.« Itt igazságos ítéletet kérünk.”
Az utolsó szó jogán Ordass püspök is hitvalló beszédet tartott, hangsúlyozva, hogy ő a számára „fátyollal takart” körülmények között is Isten akaratát keresi.
Az uzsorabíróság (micsoda elnevezés!) két év fegyházra ítélte a püspököt. Két közvetlen munkatársát, Keken Andrást és Kendeh Györgyöt is erőszakkal elhurcolták; Kistarcsára internálták, s állásuktól megfosztották őket.
1948. október 5-én a budapesti Gyűjtőfogházba került Ordass püspök. A kis méretű cellában a földre terítve négy matrac fért csak el, amelyen azonban öten vagy hatan aludtak. Bibliáját elvették. Hat hét után súlyos vándorbilincsben személyvonaton szállították Szegedre. A Csillag börtönben a rabok hónapokon át kendert fontak, ám nem külső munkahelyen, hanem nappal a cellában, a matracok helyére állították fel a rokkát. Itt is érvényesítették a „munkaversenyt”: „Ordass papi brigádja” a „cigánybrigáddal” állt versenyben.
Időközben a megfélemlített evangélikus egyház vezetői aláírták az állammal a diktátumnak nevezhető egyezményt, amely hosszú időre béklyóba kötötte az egyház életét.
A kormány mindenképpen meg akart szabadulni Ordasstól. Az őt a börtönben meglátogató püspöktársán keresztül akarták lemondásra rávenni: cserébe szabadulást, állami nyugdíjat ígértek, sőt felvetették azt is, hogy külföldre távozhat. Ordass ezt az ajánlatot ennek a bibliai igének jegyében utasította el: „Istennek kell inkább engedelmeskedni, mint az embereknek.” Amíg ő a felajánlott alkut elutasította, az ugyanebben a börtönben raboskodó tizenöt katolikus pap imádkozott érte.
Ezekkel a fogolytársakkal különös módon élhette meg az ökumenét. 1949 karácsonyán egy nagyobb méretű zárkában katolikus paptársaival tartott istentiszteletet. Ordassnak Bibliája nem lévén, szabadon idézte fel a karácsonyi történetet. Prédikációjában – az utólag leírt szöveg alapján – egyebek között ezt mondta:
„Kifejezem előttetek azt a csöndes meggyőződésemet, hogy mi, tizenhatan most hangosabban prédikálunk, mint akkor, amikor még szabad embereknek tudtuk magunkat. Még azt sem tartom lehetetlennek, hogy most igazabban prédikálunk, mint akkor.”
Idővel a váci börtönbe szállították át, ahol magánzárkába került. Lelki egyensúlya megtartása érdekében szigorú napirend szerint élt: reggelente angol, esténként svéd nyelvű áhítatot tartott magában, a köztes időben egyházi énekeket, népdalokat, szépirodalmat, tréfás történeteket és régi találkozásokat idézett fel, emlékezetből gyorsírási gyakorlatokat tartott, majd „gyülekezetlátogató utakra” indult…
Amíg Ordass börtönben volt, megzsarolt és megfélemlített egyházának úgynevezett külön fegyelmi bírósága – arra hivatkozva, hogy szolgálatát nem tudja gyakorolni – megfosztotta őt a püspökségétől. Ordass ezt a döntést cserbenhagyásként élte meg, és jobban fájt neki minden karaktergyilkosságnál és rabságnál.
Szabadulása után is félreállítva, lényegében házi őrizetben élt Budapesten, Márvány utcai otthonában.
A bejárattal szemközti lakásban a titkosrendőrség olyan megfigyelőállást alakított ki, ahonnan mozgását és esetleges látogatóit szemmel tudták tartani.
1956 nyarának politikai pezsgése közepette immár nem volt elképzelhetetlen Ordassnak a szolgálatba való fokozatos visszatérése. Ehhez nagymértékben hozzájárultak a külföldi társegyházak vezetői, akik határozottan követelték a püspök rehabilitációját.
A forradalom idején a kollaboráns püspökök lemondtak, így Ordass visszatérhetett. Nagy erővel vetette bele magát a munkába. Amellett, hogy szervezte a szabaddá vált egyház életét és segítette a segélyek célba érését, különleges nemes gesztusként lakása védelmét ajánlotta fel az Állami Egyházügyi Hivatal korábban nagy hatalmú, ám most utcára került és megtorlástól rettegő elnökének.
Október 31-én Ordass ismét püspöki székhelyén, a Deák téri templomban prédikálhatott. Az istentiszteletet megelőzően a szolidaritás szép jelét élhette át: átadták neki azt a gyászszalagot, amelyet letartóztatása napján a templom oltárán, a kereszten helyeztek el.
November 2-án nagy hatású rádiószózatot tartott. Nemcsak a forradalom ügye és az egyház szabadsága mellett állt ki, de – angol, német és svéd nyelven – a külföldi testvéregyházak segítségét is kérte.
A forradalom leverése után csak bizonyos fáziskéséssel került sor az egyházi visszarendeződésre. 1957-ben még viszonylagos autonómia és szabadság jellemezte az evangélikus egyház életét. Idővel aztán ismét fogyni kezdett Ordass körül a levegő. Másodszor is beindult az a bizonyos gépezet. Újabb karaktergyilkosság, majd „leszalámizási” kísérletek, aztán a nyílt fenyegetés. A teológiailag igényes, több nyelven beszélő Ordass nyakára olyan miniszteri biztost ültettek Grnák Károly személyében, akinek iskolai végzettsége nyolc általános, szakképzettsége kőműves volt, melyet három hónapos pártiskolával fejeltek meg.
A kommunista hatalom jogtipró döntéssel másodszor is félreállította Ordasst. 1978-ban bekövetkezett haláláig újabb megaláztatások sora várt rá. Ám az idő őt igazolta.