1856. február 4-én született Tatán. Édesapja Giesswein József, az Esterházy grófok uradalmi gazdatisztje, édesanyja a bécsi származású Eckhardt Erzsébet volt. Már gimnazistaként a tananyag elsajátításán kívül megtanult franciául, angolul és olaszul is. Budapesten, illetve egy évig a Pázmáneum növendékeként Bécsben végzett hittudományi tanulmányokat, és mellékesen nyelvészetet, mennyiségtant, illetve hébert, szírt és arabot tanult. Szerencsés adottságokkal rendelkezett a tudományos kutatáshoz, hiszen folyékonyan beszélte az európai nyelveket, és még jegyzetelnie sem kellett, mivel amit egyszer elolvasott, megmaradt az emlékezetében. Huszonkét éves volt, amikor 1878-ban – fiatal kora miatt pápai felmentéssel – Zalka János püspök pappá szentelte a győri székesegyházban. Rövid kápláni szolgálat után a püspöki aula munkatársa, 1898-tól pedig kanonok lett.

Hivatali munkája mellett hatalmas tudományos tevékenységet végzett, valóságos polihisztor volt. Elsősorban hitvédelmi szempontok motiválták: azt kívánta bizonyítani, hogy az ókori népek emlékei alátámasztják a Biblia történeti hitelességét. Mizraim és Assur tanúsága című könyvében az Ószövetség elbeszéléseivel összhangban álló egyiptomi és asszír forrásokat elemezte. Érdeklődése ezután nyelvészeti kérdések felé fordult. 1890-ben adta közre Az összehasonlító nyelvészet fő problémái című művét, amely két év múlva németül is megjelent, megalapozva nemzetközi ismertségét.

Munkakedve nem ismert határt. Egyik kortársa szerint „a katolikus tudósok, a nyelvészek, az eszperantók, az alkoholellenes, a leánykereskedelem, a prostitúció ellen tartott nemzetközi kongresszusokon mindenütt feltűnt ez a bozontos hajú, német nevű magyar prelátus, aki minden országban az illető ország nyelvén szólt hozzá a fölvetett kérdésekhez, mindig higgadtan, okosan, a tárgy gazdag ismeretével”.

Legjelentősebb vállalkozása a keresztényszocialista mozgalom meghonosítása volt. Az állami szociálpolitika ekkoriban kezdetleges szinten állt Magyarországon, a törvényhozás nem avatkozott a munkaadó és a munkavállaló közötti jogviszonyba, és a rendezetlenség következtében fölerősödtek a konfliktusok, egyre gyakoribbak lettek a sztrájkok. Az 1890-es években Győr fontos ipari központnak számított, ahol a szociáldemokrácia is megvetette a lábát. A szervezett munkásmozgalmat azonban antiklerikális, ateista iránya miatt sok klerikus, köztük Giesswein is aggódva figyelte.

Az ellenfél kiismerésének szándékával elkezdte látogatni a szociáldemokrata gyűléseket, és megérlelődött benne a gondolat, hogy

a jóhiszemű munkásokat keresztény alapokon álló mozgalom megszervezésével kell megmentenie az ateizmustól.

1898-ban megalakult a Győri és Győrvidéki Keresztény Munkás Egyesület, amelynek az év végén már mintegy nyolcszáz tagja volt.

1903-ban nagy változás történt Giesswein életében, a Szent István Társulat ugyanis – Zichy Nándor gróf pártfogásának hála – megválasztotta ügyvezető alelnökének. Ennek köszönhetően Budapestre költözhetett, és ezzel közéleti működése országos jelentőségre tett szert. 1905. március 25-én létrejöhetett a Keresztény Szociális Egyesületek Országos Szövetsége, amely a Néppárt szoros szövetségeseként működött. Giesswein a Néppárt színeiben, de keresztényszocialista programmal 1905-ben a magyaróvári kerületben indult a parlamenti választásokon, ahol meg is választották – sőt, egészen haláláig ő maradt a kerület képviselője. A parlament tagjaként kezdődött el országos politikai karrierje, amelynek során a társadalmi igazságosság eszméjének következetes szószólójaként lépett fel.

1907-ben jelent meg Társadalmi problémák és keresztény világnézet című kötete, amelyben a keresztényszocializmus fogalmát az egyház tanításának a társadalmi és gazdasági életben való gyakorlati alkalmazásaként határozta meg. A társadalmi felelősségvállalás fontosságáról szólva hangsúlyozta, hogy a keresztény társadalomban az érdemek és a tehetség helyett nem érvényesülhet a protekció, a korrupció vagy az egyéni érdekek, hiszen az szükségképpen gazdasági és kulturális hanyatláshoz vezet. A társadalomban – szemben a marxi utópiával – nem abszolút egyenlőségre, hanem arányosságra van szükség, mert csak ez képes megteremteni a despotizmus nélküli igazságosságot.

Amikor 1914 nyarán kitört a világháború, valósággal apátiába zuhant, hiszen éppen a belgiumi Liège-be kellett volna utaznia a pacifista papok békekongresszusára, amit azonban a hadműveletek miatt már nem tudtak megtartani. A hadüzenetek nyomán a nemzetközi érintkezés teljesen megszűnt. „Semmi sem volt reám nézve lesújtóbb a világháborúnak kipattanásakor, mint az a tudat, hogy a kultúremberiség nagy részétől egy csapásra elkülönítve éreztem magamat” – írta ekkor. Beszédeiben hangsúlyozta, hogy az agresszió megengedhetetlen a nemzetközi kapcsolatokban, az államoknak békés együttműködésre kell törekedniük.

1918-ban, az őszirózsás forradalom győzelme után a Keresztényszocialista Szövetség képviseletében köszöntötte a népköztársaság kikiáltását, jelentősebb politikai szerepet azonban nem töltött be. Erőit inkább a katolikus közéletre összpontosította, és korszerű demokratikus reformokat kívánt bevezetni az egyházban. A Tanácsköztársaság létrejötte teljes passzivitásra kárhoztatta. A kommunista hatalom betiltotta a keresztényszocialista szerveződéseket, ő pedig visszavonult a győri káptalanba. A proletárdiktatúra bukása után a társadalmi béke megteremtését sürgette, és azt remélte, hogy a hatalomra kerülő keresztény politika demokratikus és szociális tartalmú lesz.

A keresztény kurzus frissen felemelkedő politikusai, a karrierlovagok és a politikai demagógok azonban nem nyerték el rokonszenvét. 1919 októberében létrehozta a független Keresztény Szociális Gazdasági Pártot. A fő célt a konzervativizmus és a haladás megfelelő egyensúlyának megteremtésében látta, amit csak a keresztény etika alapján ítélt elérhetőnek.

„A keresztény kultúra a haladás és tevékenység kultúrája; aki csak konzervatív akar lenni, az keressen menedéket az iszlám fatalizmusában vagy a buddhizmus kvietizmusában”

– jelentette ki. – „Mi tehát a keresztény kultúra erejével meg akarjuk tartani a jót, de haladni akarunk a jobb felé. Igen, mi progresszívek is akarunk lenni. S ha valamikor, úgy ma, midőn a romok közül új világnak kell lennie, most van itt az ideje annak, hogy haladni tudjunk, különben az idő elhalad fölöttünk. (…) Nem azért, hogy forradalmat szítsunk, hanem hogy a forradalmat elhárítsuk, mert a szellemi maradiság és tespedés az a mocsár, ahol a forradalom miazmái megteremnek.” Ellenfelei, kihasználva megrendült helyzetét, lemondatták egyesületi vezető pozícióiból, ám munkakedvét ez sem tudta elvenni.

1923. november 15-én, szívroham következtében váratlanul elhunyt. Temetésén tízezres tömeg vett részt a Kerepesi temetőben, a személye iránt érzett kegyelet pedig a legkülönbözőbb politikai szekértáborok tagjait hozta koporsójához. Végakaratának megfelelően síremlékére annak a Krisztus-szobornak a másolata került, amelyet Chile és Argentína határán állítottak fel, és amelyet a két ország közötti háborúban használt ágyúk anyagából öntöttek.