A Balatonnak, mint élő ökológiai rendszernek három nagy egysége a nyílt víz, a parti zóna a hínarasokkal, nádasokkal, természetes gyepekkel, bokrosokkal, ligetekkel, valamint a vízgyűjtő terület, amely a Zala völgyén túl magában foglalja a Bakony déli és a somogyi dombok északi vízfolyásait. A legnagyobb figyelem ezek közül a százezrek mindennapi életét közvetlenül érintő nyílt víz minőségére irányul. Ez azonban szoros összefüggésben áll a vízgyűjtővel, ahonnan a potenciális szennyezések a mederbe érkezhetnek, s a parti zónával, amely – ha egészséges – e szennyezések egy részét képes lehet kiszűrni.
A nyílt vízzel kapcsolatban az utóbbi évtizedben megnyugodva konstatálhattuk, hogy minősége kiváló, fürdésre alkalmas, a tó közepén akár inni is lehetne belőle. Nem volt ez mindig így, kutatók, vízügyi és környezetvédelmi szakemberek több évtizedes erőfeszítésének köszönhető, hogy a hetvenes-nyolcvanas években már az idegenforgalmat is veszélyeztető vízminőség-problémák fokozatosan mérséklődtek, majd teljesen megszűnni látszottak. Az utóbbi időszak azonban aggasztó jeleket mutat: 2019 nyár végén a tó nyugati medencéjében váratlanul és robbanásszerűen ismét elszaporodtak az algák, és 2020, sőt 2021 folyamán is észleltek a korábbinál jelentősen magasabb algakoncentrációt.
Istvánovics Vera, az MTA-BME Vízgazdálkodási Kutatócsoport tudományos tanácsadója szerint ez az algacsúcs egészen rendkívüli a Balaton történetében: az 1980-as években mért tápanyagterhelés mindössze negyedénél a korábbiak másfélszeresét is elérő alga-biomassza keletkezett. A meglepő jelenség pontos okai még nem ismertek. A kutatók az eddigi vizsgálatok alapján feltételezik, hogy az üledék még mindig olyan sok foszfort tartalmaz, hogy az – az oxigénszegény körülmények között beindult mikrobiológiai folyamatok hatására – felszabadulhatott. A megnövekedett foszforkoncentráció pedig a szezon végére az átlagnál jobban felmelegedő vízben optimális körülményeket teremtett a kékalgák szaporodásához.
A Balatoni Limnológiai Intézet kutatói Herodek Sándor vezetésével már az 1970-es években kimutatták, hogy az algák elszaporodásának fő oka a tó megnövekedett foszforterhelése.
A kutatók a döntéshozóknak előre jelezték is a vízminőségromlás kockázatát.
Amikor ez valóban bekövetkezett, az intézet kutatási eredményeire épült az 1980-as években megindult vízminőség-védelmi program, amelynek fő stratégiai iránya a vízgyűjtő terület foszforforrásainak számbavétele és lehetőség szerinti felszámolása volt. A szennyvízrendszerek korszerűsítése, a mező-gazdasági eredetű foszforterhelés visszaszorítása néhány év után a vízminőség fokozatos javulásához vezetett.
Míg az algavirágzást a szakemberek és a nyaraló közönség teljes egyetértésben károsnak tartja, merőben más a helyzet a hínarakkal. Mint Herodek professzor is rámutat, a hínaras a tó normális életének, az egészséges halállomány kialakulásának alapvető kelléke. Az apró halak ezekben a hínarasokban nőnek fel, itt találják meg táplálékukat, és itt rejtőzhetnek el a ragadozók elől. A hínár újramegjelenése nem probléma, hanem örvendetes jelenség, éppenséggel a vízminőség javulásának jele. Tekintettel azonban arra, hogy a fürdőzők idegenkednek tőle, a strandokról el lehet távolítani, mindenütt máshol azonban fontos megőrizni a hínarasokat. A vízminőség terén elért eredményekkel párhuzamosan ugyanakkor kevésbé látványos, ám annál aggasztóbb folyamatok játszódnak le a parti zónában.
A Balaton nádasai a tó legfajgazdagabb élőhelyei, apró gerinctelenek, kétéltűek, halak népesítik be ívóhelyként, s az ivadékok menedékeként kulcsfontosságúak a halállomány utánpótlása szempontjából. Ebben a sávban fészkel rengeteg madár, némelyek közülük csak itt élnek. A nádasok belső részei búvóhelyként szolgálnak az emberi jelenlétre érzékeny fajok számára, emellett megakadályozzák, hogy a hullámok elmossák a partot.
A nádasok ökológiai folyosóként távolabbi élőhelyeket kötnek össze, kapcsolatot teremtve a szárazföldi állatok, elsősorban a kétéltűek, hüllők, emlősök, madarak populációi között, elősegítve életerős állományaik fennmaradását, s ezáltal a genetikai sokféleség megőrzését. Eltűnésük, feldarabolásuk értelemszerűen gyengíti ezt a pozitív hatást, adott esetben az elszigetelődő kisebb populációk már életképtelenné válhatnak.
A lecsapolásokkal jelentősen csökkent a tó körüli mocsarak területe, de az utak és vasútvonalak, valamint a települések terjeszkedése a megmaradtakat is elszigeteli a Balatontól. Így ma már a tó partvonalán belüli nádasok látják el a befolyók mocsarainak korábbi funkcióit, immár jóval kisebb területen. Annak ellenére, hogy a nádasok jelentősége jól ismert, a vizek és a partok szennyezése, a partok beépítése, a lecsapolás és az idegenhonos fajok behozatala továbbra is veszélyezteti őket. A vízminőség javítását célzó mederkotrások során kiemelt iszapot jellemzően a nádasokban rakják le, ami az elmúlt évtizedekben szintén területük csökkenésének legfontosabb oka volt.
A nádasok területe mindamellett az utóbbi évtizedekben a közvetlen emberi pusztításon kívül is csökkenésnek indult, amit a kutatások a vízszintszabályozás változásával hoznak összefüggésbe. A károsodást a jelek szerint az idegenforgalmi célokból megemelt és minél hosszabb ideig magasan tartott vízszint okozza.
A hajózás és a turizmus érdekeit ugyanis a közvélekedés szerint a magas és stabil vízállás szolgálja, ezért egyre magasabb minimum és megengedett maximális vízszinteket írtak elő. Míg a XIX. század végén az év során akár egy métert is ingadozhatott a tó vízszintje, ezt mára (hivatalosan) harminc centiméterre csökkentették.
Bárki megfigyelheti, hogy a nádas csak a sekélyebb parti sávban növekszik, s a kutatók azt is megállapították, hogy az alacsony vízállású időszakok teszik lehetővé a nád terjeszkedését. Extrém alacsony vízállás esetén az üledék oxigénhez jutott, ezzel párhuzamosan megindult a pusztuló nádasok regenerációja. A nádpusztulás legfőbb oka tehát főként az alacsony vízállás hiánya, s emellett a csekély vízszintingadozás.
A nádasok alapvetően az ingadozó vízszinthez vannak szokva, és ha elmaradnak a vízszintingadozások, valamint a vissza-visszatérő alacsony víz-
állású időszakok, akkor a part felé húzódnak, területük csökkenni kezd. Az elmúlt négy-öt évben különösen a halak szaporodása szempontjából fontos mélyebb vizű nádasok területe fogyatkozott meg jelentős mértékben.
A nádasok védelmét célzó intézkedéseknek ezért a természetes vízszintváltozások helyreállítására kellene irányulniuk.
Egyensúlyt kell teremteni az ökológiai szükségletek és a turizmus igényei között, nem utolsósorban az utóbbi hosszú távú érdekei miatt.
A Balaton egészségének, kiváló vízminőségének megőrzésében általában mindenki egyet szokott érteni, kivéve persze bizonyos konkrét, speciális egyéni érdekből fakadó kivételeket. Mint például a vízparti beruházások, amelyek többnyire a nádasok és vízparti erdők, gyepek vagy emberi közreműködéssel kialakított természetesebb zöldterületek, parkok – sokszor engedély nélküli – pusztításával járnak együtt. A jó minőségű nádasok védelem alatt állnak, kiirtásuk törvénybe ütközik, mégis gyakran értesülünk arról, hogy ez megtörténik. Helyreállításuk pedig, hiába írja elő a hatóság, gyakorlatilag lehetetlen, illetve – ha nem háborgatják – évtizedekbe telhet.
A természet rombolása ugyanis könnyen és gyorsan megy, a gyógyulás ellenben többnyire beláthatatlanul hosszú folyamat. Ezért kell kétszer is megfontolni minden mesterséges beavatkozást, legyen az lakóparképítés, parkolók kialakítása, kikötőfejlesztés vagy éppen a vízszint mesterséges megemelése. A megfontolt döntéshez szükséges tudás rendelkezésre áll, csak némi önkorlátozásra és előrelátásra lenne szükség.