Hosszú szenvedés után mindössze 48 évesen elhunyt Karaffa János. A szlovákiai magyar nemzetrész gyermekeként katolikus munkáscsaládban született 1973. március 11-én, Dunaszerdahelyen. Kiskora óta vonzotta az oltár. A legendás pozsonyi Duna utcai magyar tannyelvű gimnáziumban tanult, majd sikeresen felvételizett a pozsonyi Komenský Egyetem matematika–fizika szakára. Tanárnak készült, ám engedve Isten hívásának átjelentkezett a pozsonyi papi szemináriumba. Másodéves szeminarista korától a budapesti Központi Szeminárium növendéke lett, teológiai licenciátust, majd doktori címet is szerzett.

1997. június 14-én a pozsonyi dómban hosszú évtizedek kihagyása után, első ízben kerülhetett sor magyar nyelvű papszentelésre. Az akkor felszentelt öt áldozópap között volt János atya is. Első szentmiséjét szülővárosában, Dunaszerdahelyen mutatta be. Jelmondatul a hozzá közel álló Jeremiás próféta idézetét választotta: „Azt gondoltam: nem törődöm vele, nem szólok többé az ő nevében. De perzselő tűzzé vált szívemben, csontjaimba van rekesztve. Erőlködtem, hogy magamban tartsam, de nincs rajta hatalmam.” (Jer 20,9) Káplánként, 1999–2007 között, több csallóközi település lelki gondozójaként és érseki bíróként is dolgozott Nagyszombatban, majd az Ipoly-mentén plébánosként végezte hivatását 2010-ig. Kis kitérővel, 2013-ig Magyarországon Piliscsabán, majd Székesfehérvárott is teljesített szolgálatot. Visszatérve, 2013. december 1-jétől a komáromi Boldog Salkaházi Sára Egyetemi Központ lelkészévé nevezték ki. 2014-től 2016-ig a dunaszerdahelyi esperesség iskolaesperese volt, végül Keszegfalva és utolsó állomásként Pozsonyeperjes plébánosa lett.

A trianoni nemzetszakadás óta eltelt időszakban a felvidéki magyarság életében mindig jelentős szerepet játszottak azok a lelkipásztorok, akik a hívek egyéni lelkigondozása mellett vállalták a közösséget erősítő erkölcsi és társadalmi fejlesztési, nevelési munkát is, melynek megléte nélkül elképzelhetetlen a kisebbségbe szakadt népcsoport megmaradása és jövője. Erre érzett indíttatást Karaffa János atya is, aki kezdettől egyik fő szervezője volt a magyar püspökért, a magyar papi és szerzetesi hivatásokért évente Jó Pásztor vasárnapján rendezett Komáromi Imanapoknak. A felvidéki magyar katolikus hívek szolgálatára 2005-ben több paptársával és civil személyekkel létrehozta a Pázmaneum Társulást, és Regnum Marianum Akadémia néven keresztény felnőttképzést indított. Imanapokat, konferenciákat, tanulmányi napokat szervezett. Örömmel gondoskodott a felvidéki magyar fiatalok nemzetközi ministránstalálkozón való részvételéről. Anyagilag és lelkileg is támogatta a felvidéki magyar kispapok tanulmányait. 2006-ban cserkészfogadalmat tett, s a dunaszerdahelyi 10. számú Szent György cserkészcsapat tagjaként lelkivezetői tevékenységével a felvidéki cserkészek munkáját is segítette. Több zarándoklat vezetője, számos lelki tartalmú publikáció és előadás szerzőjeként vált ismertté idehaza és külföldön is. Értékes, hitet és magyarságtudatot ébresztő gondolatai rendre megjelentek a felvidéki médiában. Mint egyik interjújában elmondta, lelkipásztori példaképei közé tartozott egykori szemináriumi rektora, Bíró László püspök, aki az emberszerető Isten megismerésére és odaadó papi szolgálatra nevelte őt. Ennek nyomán papi hivatásának gyakorlásában nagy örömöt jelentett számára annak megtapasztalása, hogy az emberek mennyire éheznek és szomjaznak az igazságra, mennyire fogékonyak Isten üzenetének megismerésére és milyen jelentős változást eredményez életükben az Istennel való találkozás tapasztalata.

Nem félt a fájó problémák felvetésétől sem, azt vallva, hogy a Biblia nagy alakjai közül is azok tudták eredményesen szolgálni Istentől kapott hivatásukat, akik minden nehézség ellenére kitartottak küldetésük mellett. Karaffa atya az elődöktől kapott küldetésének tartotta a felvidéki magyar püspökség létrejöttéért való szüntelen imádságot, az anyanyelvi hitoktatásnak és lelkipásztori működésnek az emberi élet minden szegmensére kiterjedő szolgálatát. Bátran vállalta a küzdelmeket az igaz ügyért, melynek kiindulópontját a hitvalló, kitartó imában látta és gyakorolta. Ezzel a szándékkal hozta létre a Pázmány Péter Imaszövetséget. Vallotta, hogy „az elért eredmények Isten áldásának és sok hűséges magyar katolikus imájának és segítségének köszönhetők”. Az elsők között volt, aki kiállt a Felvidék mártírja, Esterházy János boldoggá avatása mellett. Támogatva az Alsóbodokon létrejött Esterházy János Zarándokközpont működését, imáival és mindig készséges szolgálatával híven ápolta Isten Szolgájának emlékét, és vele a magyar szentek, boldogok tiszteletét.

Lelkipásztori hivatásának kevesek által ismert oldala volt, hogy az életét szinte állandó szenvedéssel sújtó, súlyos egészségügyi problémái ellenére is apostoli tevékenységet fejtett ki a sport, nevezetesen a futball terén is. A világhírre szert tevő dunaszerdahelyi DAC Stadion bejáratánál az ő kezdeményezésére épült kis kápolnában minden hazai meccs előtt elmondják a dunaszerdahelyi labdarúgócsapatnak írt imáját. Imájával, lelkisegély-szolgálatával buzdította a DAC csapatának vezetőit és játékosait. Utolsó fohászként a labdarúgó EB előtt is írt egy imát, melynek szövege hűen tükrözi határtalan Isten- és emberszeretetét, prófétai lelkületét:

Istenem, hálát adok a Te ajándékodért, hogy szeretett magyar hazánk válogatottja a legjobbak közt szerepelhet. Add, hogy mindaz, amiről a nemzeti válogatott játékosai, vezetői és szurkolói álmodnak, mindig a Te akaratod szerint valósuljon meg. Őrizd minden lépésüket, s add nekik erődet és bölcsességedet, hogy a gonosszal mindig dacoljanak, és a Jó harcot a Szentkorona oltalma alatt megharcolva elnyerhessék a győzelmi koszorút. Segíts nekik, hogy a meccseken sportemberhez méltón tudjanak küzdeni s mindig emelt fővel hagyhassák el a pályát, dicsőséget szerezve a hazának és sok örömet a szurkolóknak. Légy Te a csapat tizenkettedik játékosa, és vezesd őket legjobb DAC-os magyar büszkeségünk, Schäfer Andriska vezérletével a pályán a diadalra. Add, hogy velük együtt egykor majd mindannyian eljussunk az örök győzelemre is! Ámen.
Minden magyar szentek és boldogok, könyörögjetek érettünk!

Amikor a középkezdés után Schäfer, önfeláldozó vetődéssel azt a csodálatos gólt szerezte Németország ellen, Karaffa János atya már nem élt, alig néhány órával azelőtt visszaadta lelkét Teremtőjének. Aki a meccs után látta Schäfer András patakzó könnyeit, megsejthette, a gólban, miként az egész csapat játékában több volt annál, mint amit a pusztán emberi-sportolói, fizikai adottságok tudnak nyújtani.

Sok terve volt még, néhány napja még a következő üzenetet osztotta meg közösségi portálján: Ma hálát adok az Úrnak, hogy 24 évvel ezelőtt, 1997. június 21-én bemutathattam első szentmisémet szülővárosomban, Dunaszerdahelyen. A hálaadás János atya életének szinte állandó része volt. Ezért is érdemes az ő szavait idézve búcsúzni tőle: „Hálás vagyok azért, hogy az Úr mindig adott mellém munkatársakat, segítőket, mindenhol akadtak istenfélő, jó emberek, barátok, akik megerősítettek küldetésemben. Családom is támogatott szolgálatom folyamán, szüleim és testvérem, aki hitoktatóként szintén a Pázmány Péter Katolikus Egyetem Hittudományi Karán végzett, mindig mellettem álltak és segítettek utamon.”

Istenünk, mi is hálát adunk neked János atya rövid földi életének megannyi jó gyümölcséért. Távoztával nagy fájdalom és hiányérzet szakadt ránk, kérünk, engedd, hogy az ő földbe hulló életének búzamagja százszoros termést hozzon a te felvidéki magyar néped számára. Ámen.